Le streljaj od mestnega središča, tako rekoč na dvorišču nakupovalnih centrov, se nahaja naravni rezervat Škocjanski zatok. Tu se mešata slana in sladka voda iz rek Badaševice in Rižane.

Sestavljata ga polslana laguna, obdana s slano ljubnimi rastlinami, plitvinami in polji, na katerih se razraščajo različne vrste slanuš ter sladkovodno močvirje z močvirskimi travniki in odprto vodno površino, obdano s trstičjem in toplo ljubim grmovjem. Gre za največje polslano mokrišče v Sloveniji.

Rezervat je izjemnega pomena zaradi pestrosti rastlinskih in živalskih vrst. Tu namreč živi kar 41 % vseh dvoživk v Sloveniji, 55 % vseh zabeleženih vrst ptic in 36 % vseh živečih sesalcev v Sloveniji. Naravni rezervat Škocjanski zatok je postajališče med selitvami ptic. 
V Bertokih so uredili pravi informativni center, kjer se lahko obiskovalci oskrbijo z informacijami o zatoku, okrog je speljana 2200 metrov dolga sprehajalna pot z več opazovališči. V prostor so naselili podolsko govedo in kamarške konje, pred kratkim pa dodali še hotel za žuželke. Kompleks Škocjanskega zatoka je ob ponedeljkih zaprt za obiskovalce.